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Vertebrados
Este departamento cuenta con las subsecciones de Herpetología, Mamíferos y Ornitología. Entre sus principales funciones figura el estudio y la recuperación de las especies amenazadas como en el caso de la ranita meridional de Igeldo (Hyla meridionalis) o la rana ágil (Rana dalmatina) de los robledales de Ulzama. Lo mismo sucede en el campo de la Ornitología con las rapaces. De esta última subsección depende también la estación de anillamiento de Playaundi, ubicada en el parque Ecológico del mismo nombre situado en Irún, y subvencionada por el Gobierno Vasco. Tiene como objetivo el estudio de la migración y la invernada de los paseriformes o pequeños pájaros.
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