La Sociedad de Ciencias Aranzadi tiene suscritos convenios de colaboración con diferentes Centros de investigación y otras Instituciones enmarcados dentro de los objetivos estatutarios de la Sociedad; como son la investigación científica y técnica en cuestiones propias del medio natural y humano, tanto en su vertiente pura como aplicada; la divulgación de tales conocimientos, y de los resultados de las investigaciones realizadas; y la protección y conservación del medio natural y humano.
Convenios suscritos con los siguientes Centros:
- Asociación Herpetológica Española
- Associació Institut Catalá d’Ornitologia
- Ayuntamiento de Igea
- CSIC – Museo Natural de Ciencias Naturales
- CSIC – Instituto de Química General
- Debako Kultur Elkartea
- Diputación Foral de Gipuzkoa
- EHKME Euskal Herriko Klimatologia eta Metereologia Fundazioa
- Estación biológica Alberto Fernández Yépez (Venezuela)
- Estación Biológica de Doñana (CSIC)
- Euskal Izurde eta Balezaleen Elkartea
- Facultad de Farmacia de la Universidad de Londres (The School of Pharmacy. University of London)
- Real Jardín Botánico (Madrid)
- FEDHAV (Fundación para el Estudio del Derecho Histórico y Autonómico de Vasconia)
- Fundació EMYS
- Grupo cultural Enrique de Albret de Sangüesa-Zangotza
- Haritzalde
- Instituto venezolano de investigaciones científicas
- MIRAMON Kutxaespacio de la Ciencia
- Real Diputación de San Andrés de los Flamencos – Fundación Carlos de Amberes
- Sociedad Española de Ornitología (SEO)
- Universidad de Barcelona (GRAMP-UB) – Grup de Recerca en Arqueología medieval i postmedieval
- Universidad de Cádiz
- Universidad de Deusto
- Universidad de Jaén
- Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV / EHU)
- VICOMtech
- ZERYNTHIA (Fundación Española para la protección de las Mariposas y su Medio)